北京大学深圳医院院徽采用灰、蓝两色为主色调。由内外双圆环组成。

   外环以灰色为主色调，灰色代表信任与严谨，外环图案以北京大学深圳医院中英文全称围绕而成。意喻大医精诚和治学严谨的双重意义。

   内环以蓝色为主色调，蓝色代表希望和安宁。内环主体图案为蛇型手杖，围绕蛇形杖左右两边向下延伸出两个半弧形，与蛇形杖一起巧妙构成汉字里的“中”字。意喻北京大学深圳医院以维护人类健康为中心，致力于用现代医学技术和仁心仁术斩除一切危害人性生命的病魔